המקור בתורה
מקור המצוה בויקרא כ״ג ט״ו-ט״ז: וספרתם לכם ממחרת השבת מיום הביאכם את עומר התנופה שבע שבתות תמימות תהיינה. עד ממחרת השבת השביעית תספרו חמישים יום והקרבתם מנחה חדשה לה׳. ממחרת השבת פירושו ממחרת יום טוב ראשון של פסח, כלומר מליל ט״ז בניסן.
בזמן בית המקדש היו מקריבים בבוקר ט״ז בניסן את קרבן העומר משעורים חדשות, ומאותו ערב היו סופרים שבעה שבועות של ימים. ביום החמישים מקריבים את שתי הלחם מן החיטים החדשים - הוא חג השבועות. הספירה מקשרת את יציאת מצרים שבפסח עם מתן תורה שבשבועות, ובכל יום מצוה לספור יום אחד.
דאורייתא או דרבנן בזמן הזה
נחלקו ראשונים האם המצוה נוהגת מן התורה גם לאחר חורבן הבית. הרמב״ם בהלכות תמידין ומוספין פרק ז׳ כותב שמצוה זו על כל איש מישראל ובכל מקום ובכל זמן, וחובה זו אינה תלויה בקרבן העומר. כלומר לדעתו הספירה דאורייתא גם היום.
לעומתו תוספות, הרא״ש וראשונים נוספים סוברים שהמצוה תלויה בקרבן העומר, ומאחר שאין מקריבים אותו אחרי החורבן הספירה היא רק מדרבנן זכר למקדש. השו״ע באו״ח סימן תפ״ט מביא את שתי הדעות, ובסעיף א׳ נוקט הלכה למעשה שספירת העומר בזמן הזה דרבנן. כך נפסק גם במ״ב ובאחרונים, ולכן בספק ספירה אנו פוסקים לקולא בענייני ברכה.
זמן הספירה - מצאת הכוכבים
הזמן המובחר לספירת העומר הוא בתחילת הלילה מיד אחרי צאת הכוכבים, ובבית הכנסת סופרים אחרי תפילת ערבית. בארץ ישראל צאת הכוכבים הוא כ-20 דקות אחרי השקיעה (זמן של 3 כוכבים בינוניים), ויש מחמירים להמתין ל-8.5 מעלות מתחת לאופק.
מי שלא ספר בתחילת הלילה יכול לספור בברכה כל הלילה. בדיעבד, אם נמשך עד עלות השחר ולא ספר, יש פוסקים שעדיין יכול לספור באותו יום בלי ברכה (וביום הבא יחזור לספור בברכה), ויש מחמירים שאחר עלות השחר אינו יכול להמשיך לספור בלילות הבאים בברכה.
מי שצריך לספור לפני צאת הכוכבים, כגון בליל שבת שמתפללים מבעוד יום, סופר אחר השקיעה בין השמשות בלי ברכה, ואם נזכר בלילה חוזר וסופר עם ברכה. רק בשעת דחק גמורה סומכים על שיטת הגאונים שמותר לספור מהשקיעה עצמה.
הברכה ונוסח הספירה
לפני הספירה מברכים בעמידה: ברוך אתה ה׳ אלקינו מלך העולם אשר קדשנו במצותיו וצונו על ספירת העומר. מיד אחרי הברכה אומרים את הספירה של אותו לילה. אסור להפסיק בדיבור בין הברכה לספירה.
נוסח הספירה כולל גם את מספר הימים וגם את מספר השבועות. בשבעת הימים הראשונים אומרים רק ימים, ומהיום השמיני ואילך מוסיפים גם שבועות. לדוגמה ביום השלושים ושלושה (ל״ג בעומר): היום שלושה ושלושים יום שהם ארבעה שבועות וחמשה ימים לעומר. נוסח אשכנז וחב״ד אומרים בעומר, נוסח ספרד וחלק מהאשכנזים אומרים לעומר.
מי שספר רק את מספר הימים בלי השבועות לא יצא ידי חובה לדעת רוב הפוסקים, וצריך לחזור ולספור עם ימים ושבועות. אם נזכר תוך כדי דיבור יכול להשלים בלי ברכה נוספת.
דין מי ששכח לספור
נחלקו הראשונים האם 49 הימים הם מצוה אחת ארוכה (ואז החסרת יום מבטלת את כל הספירה) או 49 מצוות נפרדות. השו״ע בסימן תפ״ט סעיף ח׳ פוסק שהשוכח לברך באחד הימים סופר בשאר הלילות בלי ברכה - חוששים לדעת בעל הלכות גדולות שהיא מצוה אחת.
מי שנזכר במשך היום שלא ספר בלילה הקודם, סופר ביום בלי ברכה, ובלילות הבאים ממשיך לספור בברכה. רק אם עבר יום שלם בלי ספירה כלל (לא בלילה ולא ביום) ממשיך מאז ואילך בלי ברכה.
מי שמסתפק אם ספר באחד הלילות, או שזוכר ששמע מאחרים שזה היום הנכון, ממשיך לספור בברכה - בספק דרבנן הולכים אחר הרוב והחזקה. כך פסקו המ״ב והערוך השולחן, שהדין הזה הוא קולא הנובעת מכך שהספירה בזמן הזה דרבנן.
מנהגי אבלות בימי הספירה
בימי ספירת העומר נוהגים מנהגי אבלות זכר לעשרים וארבעה אלף תלמידי רבי עקיבא שמתו במגפה בין פסח לעצרת מפני שלא נהגו כבוד זה בזה (יבמות ס״ב). מנהגי האבלות העיקריים הם איסור תספורת, איסור נישואין, ואיסור שמיעת מוזיקה משמחת.
מנהג רוב יוצאי אשכנז ובכלל זה ירושלים הישנה: נוהגים אבלות מתחילת הספירה עד בוקר ל״ג בעומר. ביום ל״ג בעומר עצמו מותר להסתפר ולעשות חתונות, ומאז ועד שבועות הכל מותר.
מנהג רבים מיוצאי ספרד (לפי הבית יוסף בסימן תצ״ג): נוהגים אבלות עד בוקר ל״ד בעומר. אסור להסתפר ולהתחתן עד ל״ד בעומר בבוקר. יש מנהגים נוספים בקהילות שונות - מנהג החת״ם סופר נהג עד שבועות, ומנהג הספרדים בארץ ישראל בעקבות הרב עובדיה יוסף הוא להקל מל״ד בעומר ואילך עד ראש חודש סיון לחומרא לחלק מהמנהגים.
באשר למוזיקה, פוסקים בני זמננו כרב משה פיינשטיין והרב עובדיה יוסף הורו להחמיר גם בשמיעת מוזיקה מוקלטת בכלי, אך יש מקילים בשירה בעל פה ובשירי קודש.
הלכות מעשיות בלוח הזמנים
בלוח זמני הספירה ביישובכם מופיע הזמן המומלץ לספירה - בדרך כלל אחרי תפילת ערבית בצאת הכוכבים. בקיץ הזמן מאוחר יחסית (אחרי 20:00), ובאמצע ניסן עוד יחסית מוקדם. כדאי להגדיר תזכורת יומית כדי לא לשכוח, במיוחד לקראת הבדלה במוצאי שבת ויום טוב, שאז סופרים לפני ההבדלה.
הסופר בליל שבת או יו״ט בבית כנסת סופר בקול אחרי קדיש תתקבל. במוצאי שבת ומוצאי יו״ט הסדר הוא ערבית, ספירה, קדיש, עלינו, ורק אחר כך הבדלה - כדי לדחות את יציאת היום הקדוש כמה שאפשר.
נשים לפי מנהג ספרד פטורות לחלוטין מספירת העומר ואף אינן סופרות בלי ברכה. נשים לפי מנהג אשכנז סופרות עם ברכה כמצוות עשה שהזמן גרמא שהן קיבלו על עצמן. מנהג חב״ד הוא שנשים אינן סופרות.